Линии все еще идут от plt.errorbar
.Используйте ls=''
для обоих
plt.errorbar(x, y, yerr=data, ls='')
plt.plot(x,y, ls='')
Как указано @DavidG в комментариях, plt.plot(x,y, ls='')
не имеет смысла, если вы скрываете строки.Вместо этого вы можете использовать точечную диаграмму в дополнение к панели ошибок, чтобы отображать точки данных как
plt.scatter(x,y)