На данный момент ваша проблема не в конфигурации PHP, ИМХО, ваша проблема в масштабируемости.
Вы не упомянули, если ваш сервер полон или не имеет состояния, я полагаю, из-за вашей проблемы, что он полон.
Кроме того, вы не объяснили, есть ли у вас кластер серверов с балансировкой нагрузки, но я полагаю, что нет.
Что это значит?
Это означает, что ваш сервер для каждого пользователя пишет файл для хранения своего сеанса в файловой системе сервера.
Этот процесс потребляет память и стоит дорого.
Простое математическое вычисление покажет вашу проблему,
Вы сказали, что у вас 128 ГБ ОЗУ и около 3000 пользователей, это означает, что они потребляют всю оперативную память, если ваш предел памяти PHP составляет около 32 МБ на пользователя. Честно говоря, в 2019 году он крайне низкий.
Решения?
Для 3000 пользователей одновременно на одном сервере, вы должны рассмотреть балансировку нагрузки.
Балансировка нагрузки позволяет вашему приложению быть сбалансированным между несколькими серверами, в зависимости от трафика. Для начала нужно много настроек и конфигураций, но это выполнимо.
Другое решение - перенести приложение в приложение без сохранения состояния. Означает, что сервер не знает о сеансе пользователей, а аутентификация выполняется с помощью токена (JWT на помощь). Это решение нелегко найти, если ваше приложение большое и требует некоторой работы.
Ссылка , чтобы узнать больше (см. Раздел «Производительность и масштабируемость с сеансами PHP»)