Я инициализировал конфигурацию ШИМ в 4 каналах по таймеру, но работает только последний канал, который я установил.Означает ли это, что одновременно может работать только 1 канал?
нет. столько, сколько поддерживается таймером. Каналы ШИМ, использующие один и тот же таймер, будут иметь одинаковую частоту.