Apostrophe 2.x (текущий основной выпуск) вообще не имеет папок src, поэтому я не уверен, откуда эта часть вопроса.
Но файлы в my-module/public/js могут быть переданы через pushAsset вызовы в модуле, и если это делается модулем или любым из его родительских классов, то все копии always.js, которые существуют, то есть в Модули родительского класса или в вашем модуле будут выталкиваться в браузер - по порядку. И это полезно для достижения собственных эффектов переопределения и создания подклассов в коде на стороне браузера.
Если вы случайно просматриваете ветку 3.0, это очень пре-альфа-код прямо сейчас и не должен использоваться для проектов. Но когда 3.0 созревает, src заменит public для большинства целей и будет содержать код пользовательского интерфейса администратора Apostrophe, предназначенный для связывания через веб-пакет. Это не имеет никакого отношения к текущей стабильной версии Apostrophe.
Возможно, вы унаследовали проект Apostrophe от кого-то, кто создал свой собственный инструмент для компиляции файлов в src/ до целей в public/js через gulp или webpack, но это будет код уровня проекта или независимо написанные модули Apostrophe, а не часть самого Apostrophe или любого из наших текущих примеров проектов.