Повторите: кусок Python, говорящий `r`, генерирует NameError - PullRequest
Новая
       17

Повторите: кусок Python, говорящий `r`, генерирует NameError

0 голосов
/ 18 апреля 2019

Я пытаюсь использовать Python в RStudio. Использование модулей Python от R отлично работает. 

```{r} 
library(reticulate)
py_install("pandas")

pd = import("pandas", convert = FALSE)
r_mtcars = pd$DataFrame(mtcars)
r_mtcars$describe()
```

                 mpg        cyl        disp   ...            am       gear     carb
count  32.000000  32.000000   32.000000   ...     32.000000  32.000000  32.0000
mean   20.090625   6.187500  230.721875   ...      0.406250   3.687500   2.8125
std     6.026948   1.785922  123.938694   ...      0.498991   0.737804   1.6152
min    10.400000   4.000000   71.100000   ...      0.000000   3.000000   1.0000
25%    15.425000   4.000000  120.825000   ...      0.000000   3.000000   2.0000
50%    19.200000   6.000000  196.300000   ...      0.000000   4.000000   2.0000
75%    22.800000   8.000000  326.000000   ...      1.000000   4.000000   4.0000
max    33.900000   8.000000  472.000000   ...      1.000000   5.000000   8.0000

[8 rows x 11 columns]

Однако, если я пытаюсь использовать модули Python от Python, я получаю сообщение об ошибке. 

```{python}
import pandas
py_mtcars = r.mtcars
```

Traceback (most recent call last):
File "...Temp\RtmpUzhmLU\chunk-code2a0865ca6eb6.txt", line 4, in <module>
py_mtcars = r.mtcars
NameError: name 'r' is not defined

r. обычно используется, чтобы сообщить Python, что mtcars является источником R.

Другой способ также невозможен, т. Е. Доступ к данным Python по R. 

```{python}

import pandas 

mtcars = pandas.read_csv("../PyR/mtcars.csv")

```

```{r}

py$mtcars

```

Error in py_get_attr_impl(x, name, silent) : AttributeError: module '__main__' has no attribute 'mtcars'

Информация о версии Python: 

py_config()
python:         ~\Anaconda3\envs\r-reticulate\python.exe
libpython:      ~/Anaconda3/envs/r-reticulate/python36.dll
pythonhome:     ~\ANACON~1\envs\R-RETI~1
version:        3.6.5 |Anaconda, Inc.| (default, Mar 29 2018, 13:32:41) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          ~\ANACON~1\envs\R-RETI~1\lib\site-packages\numpy
numpy_version:  1.14.3
pandas:         ~\ANACON~1\envs\R-RETI~1\lib\site-packages\pandas\__init__.p

РЕДАКТИРОВАТЬ: 

library(reticulate); devtools::session_info()
- Session info --------------------------------------------------------------------------------------------
 setting  value                       
 version  R version 3.5.2 (2018-12-20)
 os       Windows >= 8 x64            
 system   x86_64, mingw32             
 ui       RStudio                     
 language (EN)                        
 collate  German_Germany.1252         
 ctype    German_Germany.1252         
 tz       Europe/Berlin               
 date     2019-04-19                  

- Packages ------------------------------------------------------------------------------------------------
 package     * version     date       lib source                             
 assertthat    0.2.0       2017-04-11 [1] CRAN (R 3.5.0)                     
 backports     1.1.3       2018-12-14 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 callr         3.1.1       2018-12-21 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 cli           1.0.1       2018-09-25 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 crayon        1.3.4       2017-09-16 [1] CRAN (R 3.5.0)                     
 desc          1.2.0       2018-05-01 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 devtools      2.0.1       2018-10-26 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 digest        0.6.18      2018-10-10 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 fs            1.2.6       2018-08-23 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 glue          1.3.0.9000  2019-01-28 [1] Github (tidyverse/glue@8188cea)    
 jsonlite      1.6         2018-12-07 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 lattice       0.20-38     2018-11-04 [2] CRAN (R 3.5.2)                     
 magrittr      1.5         2014-11-22 [1] CRAN (R 3.5.0)                     
 Matrix        1.2-15      2018-11-01 [2] CRAN (R 3.5.2)                     
 memoise       1.1.0       2017-04-21 [1] CRAN (R 3.5.0)                     
 pkgbuild      1.0.2       2018-10-16 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 pkgload       1.0.2       2018-10-29 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 prettyunits   1.0.2       2015-07-13 [1] CRAN (R 3.5.1)                     
 processx      3.2.1       2018-12-05 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 ps            1.3.0       2018-12-21 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 R6            2.3.0       2018-10-04 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 Rcpp          1.0.0       2018-11-07 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 remotes       2.0.2       2018-10-30 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 reticulate  * 1.10.0.9003 2019-01-28 [1] Github (rstudio/reticulate@6a60dad)
 rlang         0.3.1       2019-01-08 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 rprojroot     1.3-2       2018-01-03 [1] CRAN (R 3.5.0)                     
 rstudioapi    0.9.0       2019-01-09 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 sessioninfo   1.1.1       2018-11-05 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 testthat      2.0.1       2018-10-13 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 usethis       1.4.0       2018-08-14 [1] CRAN (R 3.5.2)                     
 withr         2.1.2       2018-03-15 [1] CRAN (R 3.5.0)                     
 yaml          2.2.0       2018-07-25 [1] CRAN (R 3.5.1)                     

[1] ~/Documents/R/win-library/3.5
[2] C:/Program Files/R/R-3.5.2/library

StackOverflow говорит, что мне нужно много кода в моем посте. Итак, хороший восточный и спасибо за вашу помощь. Я надеюсь, что мы сделаем это.

1 Ответ

0 голосов
/ 19 апреля 2019

Я думаю, что вы можете получить доступ только к магической переменной r внутри кусков питона в вашей уценке R . Следующая .Rmd прекрасно компилируется, выполняя функцию Python pandas.DataFrame.describe для фрейма данных R r.iris. 

---
output: html_document
---

```{r}
library(reticulate)
```

```{python}
import pandas as pd
pd.DataFrame.describe(r.iris)
```

Похоже, вы ожидаете, что ваши автономные скрипты Python должны иметь доступ к магической переменной с именем r. Я подозреваю, что это не одна из особенностей сети , которые (цитируя документы):

  • Запускать фрагменты Python в одном сеансе Python, встроенном в ваш сеанс R (общие переменные / состояние между фрагментами Python)
  • Печать вывода Python, включая графический вывод matplotlib.
  • Доступ к объектам, созданным внутри фрагментов Python, из R с использованием объекта py (например, py $ x будет обращаться к переменной x, созданной в Python из R).
  • Доступ к объектам, созданным внутри фрагментов R, из Python с использованием объекта r (например, r.x будет обращаться к переменной x, созданной в R из Python).

Упоминание «кусков» в последнем пункте заставляет меня поверить, что это функция только для Rmarkdown.

Если для вас важно использовать R из Python вне R, то я рекомендую rpy2 .

...