Не уверен, что вы пытаетесь достичь ... но я не знаю, в любом случае, вы можете заставить консольное приложение запустить любой другой метод до Main (). Почему бы не сделать что-то вроде этого:
static void Main(string[] args)
{
//read your app.config variable
callAlternate = GetConfigSettings();
if(callAlternate)
AltMain();
///...rest of Main()
}