Нужно ли указывать вложенные случайные эффекты, когда в данных подразумевается вложение?

Question

Я работаю с набором данных, содержащим вложенные группы, и мне интересно, как правильно указать модель (ы).

Данные являются двоичными показателями того, согласован ли «Кодекс» Группой. В состоянии контроля 3 группы, а в условии лечения 3 группы.

Я пытаюсь смоделировать вероятности различных кодов, присутствующих в состоянии лечения.

Некоторые данные игрушек:

library(lme4)

Data <- rbind(data.frame(Code = rep(LETTERS[1:5],6),
                   Condition = rep("Control", 30),
                   Trial = rep(c(1:3), each = 5), 
                   Group = rep(letters[1:3],10),
                   Present = sample(0:1, 30, replace = T)),data.frame(Code = rep(LETTERS[1:5],6),
                   Condition = rep("Treatment", 30),
                   Trial = rep(c(1:3), each = 5),
                   Group = rep(letters[4:6],10),
                   Present = sample(0:1, 30, replace = T)))

Дайте внутреннюю вложенность в данные, можно ли указать модель как:

Mod1 <- glmer(Present ~ Condition * Code + (1|Group), family=binomial(link = "logit"), data = Data)

Или мне нужно указать вложенность что-то вроде:

Mod2<- glmer(Present ~ Condition * Code + (1|Condition/Group), family=binomial(link = "logit"), data = Data)

Я не уверен, какая модель соответствует дизайну, и я видел противоречивые сообщения об использовании / против :, поэтому мне не ясно, правильно ли я указал вложение (в дополнение к тому, необходимо).

Данные примера малы, поэтому вторая модель выдает предупреждение о единственном совпадении. Мои навыки генерации / моделирования данных отсутствуют, поэтому любые советы по созданию лучшего набора примеров также будут приветствоваться!

Answer 1

Нет, все вложения (в смысле кодирования) создают два термина: первый термин и взаимодействие первого и второго.И все, что нужно для взаимодействия, - это уникальный идентификатор для каждой уникальной комбинации.

То есть, A / B приводит к A + A: B, и если у вас была третья переменная C, которая, скажем, вставляла(A, B), тогда это также будет эквивалентно A + C.

В вашем случае Условие / Группа сводится к Условию + Условие: Группа, что эквивалентно Условию + Группе.Вот почему ваши две модели не эквивалентны, вторая включает в себя случайный эффект для условия, а первая - нет.

Возвращаясь к моему первому предложению, важно различать вложение в дизайне и вложение вкодирование;в вашем случае Group вкладывается в Condition в смысле проектирования, потому что каждый уровень Condition отличается для каждой Группы, но вы применяете это на компьютере, присваивая каждому уникальный идентификатор, поэтому вам не нужно вкладывать вкод.