R: сингулярная сходимость в модели смешанного эффекта - PullRequest
Новая
       29

R: сингулярная сходимость в модели смешанного эффекта

0 голосов
/ 14 марта 2019

У меня есть эксперимент, который спроектирован как 6 блоков по 4 графика в каждом, с двумя обработками (W_add и P_add) плюс комбинация обработок и контроля. Данные представляют собой измерения потока, проведенные во время 9 кампаний.

Я хочу посмотреть, оказало ли лечение значительное влияние на потоки во времени.

Вот мой код: 

library(nlme)
library(car)

setwd("[...]")

data<-read.csv("season_flux.csv")

flux = data$CO2_NEE #CO2_ER, CO2_NEE, GEP, or CH4

model = lme(flux ~ W_add * P_add * DOY, random = ~1|block/plot, 
                     corr = corGaus (form = ~DOY|block/plot, nugget = TRUE), 
                     data = data, na.action = na.omit, method = "REML")

contrasts(data$W_add) <- contr.sum
contrasts(data$P_add) <- contr.sum

Anova <- Anova(model, type = "III", test.statistic = "F")
summary(Anova)
print(Anova)

А вот и глава моих данных 

  DOE       DOY   plot type CO2_ER  CO2_NEE        GEP        CH4   W_add  P_add
1 0.4831486 179   25    D 4.615219       NA -0.1560684 -2.4904458    NW    NP
2 0.4885537 179   25    L       NA 4.459151         NA         NA    NW    NP
3 0.4948533 179   26    D 4.178014       NA -1.3169272 -0.9756073     W    NP
4 0.5003533 179   26    L       NA 2.861087         NA         NA     W    NP
5 0.5069753 179   27    D 3.524708       NA -0.9260853 -1.2356268    NW     P
6 0.5123025 179   27    L       NA 2.598623         NA         NA    NW     P
  treatment block   PAR soil_moist soil_T_2 soil_T_5
1         C     1    NA   21.80000      4.6      3.0
2         C     1 206.2   21.80000      4.6      3.0
3         W     1    NA   32.13333      4.2      3.2
4         W     1 278.8   32.13333      4.2      3.2
5         P     1    NA   26.93333      4.2      2.6
6         P     1 303.4   26.93333      4.2      2.6

Я получаю следующую ошибку: 

Error in lme.formula(flux ~ W_add * P_add * DOY, random = ~1 | block/plot,  :
  nlminb problem, convergence error code = 1
  message = singular convergence (7)

Ошибка не возникает с другим потоком, чем CO2_NE, или если я использую другую корреляцию. Эта ошибка также не происходит, если я удаляю последнюю строку моих данных, которая выглядит следующим образом: 

68.70536503,246,48,L,,2.27190302873568,,,W,NP,W,6,450.2,17.0333333333333,9.2,7.1

Почему это происходит?

Большое спасибо!

РЕДАКТИРОВАТЬ: Я понял, что было бы более целесообразно опубликовать это в Cross Validated. Вот ссылка на мой вопрос https://stats.stackexchange.com/questions/397378/r-singular-convergence-in-mixed-effect-model

...