Из вашего описания звучит, как будто запускается сборщик мусора. Сколько оперативной памяти у вас есть в системе? В зависимости от того, какие плагины вы загружаете, Eclipse может понадобиться довольно много. Я думаю, что минимальный минимум составляет 256 Мб, и реально вам нужно как минимум 1 Гб, больше, если вы занимаетесь веб-разработкой
У вас есть новейшая JVM? Затмение обычно работает намного быстрее с 1,6 JVM.
Еще одна вещь, которую нужно проверить, у вас есть агрессивный антивирусный сканер? Плагины Eclipse представляют собой наборы небольших файлов в jar-файлах, некоторые антивирусные сканеры действительно могут снизить производительность. Если вы можете удалить каталог установки Eclipse из отсканированных файлов.
См. статью EclipseZone или этот вопрос , где приведены некоторые общие советы по повышению производительности.