Eclipse предоставляет способ автоматического обновления ресурсов, измененных извне:
Окно> Параметры> Общие> Рабочая область> Обновление с использованием собственных перехватов или опроса.
Не уверен, что это решит вашу проблему, потому что вы не можете контролировать точный момент обновления, но, возможно, стоит попробовать.