Если ваша программа не является консольным приложением, вы можете использовать START.EXE в вашем пакетном файле для фактического запуска реального приложения. Начальная консоль, использовавшаяся для запуска пакетного файла, будет закрыта по окончании пакетного файла.
Вы могли бы, вероятно, запустить файл .bat тоже с помощью start / b, чтобы избежать всех окон консоли.