Если вы не хотите проверять группу файлов в проекте, вы можете отфильтровать эти файлы, чтобы они не проверялись, создав фильтр файлов
Фильтр файлов использует регулярные выражения, чтобы определить, какие файлы следует исключить. Регулярное выражение работает с полным именем файла, поэтому вы также можете исключить целые папки. В этом случае вы можете исключить весь пакет, если хотите.
Если вы немного погуглите - возможно, вы найдете несколько файлов свойств конфигурации Checkstyle, в которых есть примеры того, что вы ищете. Я бы посоветовал после того, как вы это сделаете - сохранить его как небольшой шаблон, чтобы вы могли обратиться к нему в будущих ситуациях