Как сказал Филипп Фэйс, все работает нормально, если ваши проекты установлены как зависимость друг от друга. Убедитесь, что путь сборки вашего проекта настроен именно таким образом.
IMHO связанные папки предназначены для внешних файлов, а не для других проектов.
Другая проблема заключается в том, что если вы просто ссылаетесь на jar как на зависимость (т. Е. На путь класса проекта), eclipse не сможет узнать, что jar был создан на основе источника другого проекта, и поэтому не будет должным образом реорганизован.
Попробуйте попросить своих коллег о файлах проекта eclipse (.project и .classpath) и, если нужно, отредактируйте файлы, а затем проверьте, не работает ли ваш рефакторинг. Я предполагаю, что ваш проект настроен иначе, чем ваши коллеги.