По умолчанию eclipse не будет переименовывать методы получения и установки при использовании «встроенного» переименования переменной. Однако вы можете изменить это поведение, используя диалоговое окно «Переименовать поле» для переименования один раз, и выбрав «Переименовать получатель» и «Переименовать установщик». (см. ответ от idrosid только для подробностей, как открыть это окно).
После этого «встроенные» переименования также обновят метод получения и установки для этого поля (но не параметр в установщике).
Обратите внимание, я проверял это с Eclipse 4.5