Метод, используемый для закрытия Thickbox, - tb_remove ()
Чтобы вызвать его из содержимого iframe, достаточно вызвать метод для родительского элемента iframe.
So
parent.tb_remove()
Должен сделать свое дело.
Просто добавьте событие по вашей ссылке (кажется, вставлять проще)
<a href="#" onClick="javascript:window.parent.tb_remove()"> ... </a>