Я не эксперт по H2, но это исключение хорошо объясняет, что происходит.
Из вашей трассировки стека:
The file is locked: nio:C:/Users/kumar.shorav/test.mv.db
Так что я считаю, что первый экземпляр хранит свои h2 вэтот файл, он блокируется этим процессом.Теперь появляется второй экземпляр, и он, вероятно, имеет тот же набор конфигураций и среди них, где хранить файл (в том же месте).
Поэтому, когда он запускается, файл уже заблокирован, и H2 извторой экземпляр не может запуститься.
Теперь это не связано с тем, что вы говорите, что H2 работает исключительно в памяти, по крайней мере, это не то, что говорит исключение