Звучит так, как будто между вашими конвейерами существует неоправданная связь, и лучшим подходом было бы уменьшить ее, например, за счет того, что каждый конвейер раскручивал свой собственный контейнер.
Если это не вариант, вы можете попытаться построить конвейерный граф следующим образом:
Group1-A \ / Group2-A
Group1-B -- dummy -- Group2-B
Group1-C / \ Group2-C
хотя я не уверен, что это действительно решит вашу проблему.