PDFBox (и многие другие PDF-библиотеки тоже) генерируют внешний вид (если он вообще существует) только тогда, когда установлено значение поля ;они не обновляют внешний вид снова и снова каждый раз, когда изменяется какое-либо другое свойство поля .
Таким образом, вы должны first установить значение quadding и только после этого изменить значение поля , то есть
((PDTextField) acroForm.getField("NewRentWithoutChargesChf")).setQ(PDVariableText.QUADDING_RIGHT); //align right works
acroForm.getField("NewRentWithoutChargesChf").setValue("1.00");