Проверка dplyr показывает, что есть и файл README.md, и файл README.Rmd.
В файле .md написано
README.md генерируется из README.Rmd. Пожалуйста, отредактируйте этот файл
Довольно просто создать файл .Rmd, но как тогда генерируется файл .md? Это использует roxygen2 или есть какая-то терминальная команда (или что-то еще)?