Краткий ответ: FreeBSD ;-) - лучшая документация, более стабильная. С другой стороны, меньше потребительской поддержки оборудования по сравнению с GNU / Linux.
Когда вы спрашиваете, для чего лучше всего разрабатывать, неясно, имеете ли вы в виду написание модулей ядра или приложений GUI для конечного пользователя, или что-то среднее.
Если вы не пишете низкоуровневые вещи, между ними нет никакой разницы, по крайней мере, для FreeBSD - GNU / Linux. Языки, наборы инструментов, IDE и т. Д. Доступны для обоих.