Отказ от ответственности: я работаю в компании, которая делает Dotfuscator.
Могут быть и другие альтернативы, о которых я не знаю, но я уверен, что ILMerge этого не делает.
Альтернативой может быть использование Dotfuscator Pro, коммерческого продукта, который, я знаю, наверняка будет правильно связывать сборки и правильно связывать любые сборки ресурсов спутников для набора входных сборок. Доступна бесплатная пробная версия, чтобы вы могли проверить ее и убедиться, что она работает в вашем конкретном сценарии.