Не уверен, почему бы вам не использовать файл уценки R для этого ... Это было бы намного проще.
В любом случае, способ обойти это:
dataframe_list <- list(
my_dataframe1,
my_dataframe2,
my_dataframe3
# and so on
)
kable(dataframe_list, "html") %>%
kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover")) %>%
cat(., file = "result.html")