Как предложил @DavidW, похоже, что .pxd файлы просто не устанавливаются во время pip install pandas из-за его внутренних целей.
Таким образом, чтобы получить доступ к .pxd файлам (и любым другим) из записной книжки jupyter, можно использовать следующее: clone github repo и установить из клонированной папки в режиме разработки (редактируемый):
python setup.py develop
Таким способом, установленным в 'lib / python / site-packages', будет создан файл pandas.egg-link, который является просто ссылкой на клонированное хранилище, поэтому файлы .pxd теперь доступны с
%%cython
cimport pandas._libs.util as util