«Java исключение произошло во время начальной загрузки rJava» при попытке использовать tabulizer - PullRequest
Новая
       50

«Java исключение произошло во время начальной загрузки rJava» при попытке использовать tabulizer

2 голосов
/ 07 апреля 2019

Я использую Mac OS 10.13.6 и использую RStudio 1.1.8, R 3.5.3, Java 11. На случай, если аппаратное обеспечение может иметь значение, я использую MacBook Air 2013 года.

Iпытаюсь запустить функцию extract_table из пакета r tabulizer в Книге кодов мировой религии Correlates of War, доступной здесь .Кажется, я застреваю из-за ошибки с rJava.Библиотека rJava, кажется, загружается в RStudio просто отлично, но когда я запускаю следующую строку: 

lst <- tabulizer::extract_tables("/Users/[me]/Downloads/wrp-codebook-bibliography.pdf", encoding="UTF-8")

или пытаюсь загрузить библиотеку табулизаторов, я получаю следующую ошибку: 

WARNING: Initial Java 12 release has broken JNI support and does NOT work. Use stable Java 11 (or watch for 12u if avaiable).
ERROR: Java exception occurred during rJava bootstrap - see stderr for Java stack trace.
Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException
    at java.base/jdk.internal.reflect.Reflection.verifyMemberAccess(Reflection.java:130)
    at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.slowVerifyAccess(AccessibleObject.java:673)
    at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.verifyAccess(AccessibleObject.java:666)
    at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.checkAccess(AccessibleObject.java:638)
    at java.base/java.lang.reflect.Field.checkAccess(Field.java:1075)
    at java.base/java.lang.reflect.Field.get(Field.java:416)
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tabulizerjars', details:
  call: .jcheck(silent = FALSE)
  error: java.lang.NullPointerException.jcall(f, "Ljava/lang/Object;", "get", .jcast(ic, "java/lang/Object"))new("jobjRef", jobj = <pointer: 0x10caa0870>, jclass = "java/lang/NullPointerException")

РЕДАКТИРОВАТЬ: приведенный ниже раздел был обновлен для ясности на основе полученных комментариев.

Сначала я подумал, что мне нужно переключиться с Java 12 на Java 11, поэтому я нашел полезный пост по SO и использовал следующие команды для переключения, без запуска RStudio или Rпока я делал это: 

MacBook-Air:~ $ /usr/libexec/java_home -V
Matching Java Virtual Machines (2):
    12, x86_64: "Java SE 12"    /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-12.jdk/Contents/Home
    11.0.2, x86_64: "Java SE 11.0.2"    /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.2.jdk/Contents/Home

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-12.jdk/Contents/Home
MacBook-Air:~ $ export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 1.6.0_65-b14-462`

Проблема сохраняется с тех пор, как они, и когда я дважды проверяю свою версию Java в терминале, я получаю это: 

MacBook-Air:~ $ java -version
java version "11.0.2" 2019-01-15 LTS
Java(TM) SE Runtime Environment 18.9 (build 11.0.2+9-LTS)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM 18.9 (build 11.0.2+9-LTS, mixed mode)

Так это выглядитмне как будто я бегу 11.

Тем не менее, у меня также все еще установлено 12: 

MacBook-Air:~ $ /usr/libexec/java_home -V
Matching Java Virtual Machines (2):
    12, x86_64: "Java SE 12"    /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-12.jdk/Contents/Home
    11.0.2, x86_64: "Java SE 11.0.2"    /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.2.jdk/Contents/Home

Я не уверен, смотрит ли R вместо версии 12, или какперенаправьте его, или если есть другая проблема здесь все вместе.К сожалению, я не смог найти в Google или SO ничего об этой ошибке, особенно в контексте R и rJava.

Пожалуйста, дайте мне знать, могу ли я предоставить какую-либо дополнительную информацию.

Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 31 мая 2019
  1. Перейдите в / Library / Java / JavaVirtualMachines и удалите JDK 12
  2. Переустановите JDK 11.
  3. sudo R CMD javareconf в терминале.
...