Проблема в том, что вы ошиблись строкой и столбцом в X.
import numpy as np
from sklearn import preprocessing
X = [['reg', '03b', '03e', 'buy'],
['reg', '03b', '04e', 'sell'],
['pref', '02b', '03e', 'sell'],
['cur', '03b', '03e', 'buy'],
['val', '03b', '03e', 'buy'],
['reg', '03b', '03e', 'buy']]
X = np.array(X)
b = np.zeros(X.shape)
logreg = preprocessing.LabelEncoder()
i = 0
while i < X.shape[1]:
logreg.fit(X[:,i])
b[:,i] = logreg.transform(X[:,i])
i += 1
b
array([[2., 1., 0., 0.],
[2., 1., 1., 1.],
[1., 0., 0., 1.],
[0., 1., 0., 0.],
[3., 1., 0., 0.],
[2., 1., 0., 0.]])