В моем проекте мы используем Maven для создания нашей Flex RIA и серверной части на основе Java. Для создания и тестирования приложения Flex мы используем плагины flex-mojos maven. Они отлично работают для нас, и я настоятельно рекомендую использовать Maven поверх Ant.
При этом, если вы уже используете Ant, может быть немного сложно перейти на Maven. Поэтому, если вы находитесь в таком положении, я бы порекомендовал использовать задачи flexunit, доступные здесь: Ant Task
Обе эти библиотеки делают в основном одно и то же: они запускают сгенерированное mxml-приложение flexunit test runner в окне и открывают сокет-соединение обратно в процесс сборки с помощью JUnit. Удивительно, но это работает довольно хорошо. Единственная проблема в том, что вы не можете запустить его без головы, поэтому, если вы хотите запустить сборку с CI-сервера, вы должны убедиться, что процесс имеет возможность запускать новые окна, иначе он не будет работать.