Мониторинг потребления ОЗУ и ЦП Snakemake

Question

Я хочу получить использование ЦП и ОЗУ конвейера Snakemake во времени.Я запускаю свой конвейер в кластере, контролируемом для удаления отходовЯ знаю, что в Snakemake есть функции бенчмаркинга, но они только сообщают о потреблении.В идеале я хотел бы, чтобы выходной файл выглядел так:

t  CPU     RAM
1  103.00  32
2  ...     ...

Есть ли какая-либо программа для этого?Спасибо!

Answer 1

Я нашел Syrupy на github: анализатор ps в python с понятной документацией.

Answer 2

Не знаю ни одной программы, которая уже делает это, но вы можете отслеживать использование процессора и MEM с помощью собственных команд unix, этот пост дает ответ, который может соответствовать вашим требованиям.
Вот краткое изложение ответа, модифицированного для этого контекста:

Вы можете использовать эту функцию bash

logsnakemake() { while sleep 1; do  ps -p $1 -o pcpu= -o pmem= ; done; }

Вы можете настроить частоту регистрации, изменив значение sleep.
Чтобы зарегистрировать ваш snakemake процесс с pid = 123, просто наберите в терминале:

$ logsnakemake 123 | tee /tmp/pid.log