Anaconda 4.7.5 - Предупреждение о conda-build <3.18.3 и проблемах с пакетами python

Question

Я запустил дистрибутив Python Anaconda на Ubuntu Linux 18.04 LTS x64 и только что обновил дистрибутив обычным conda update --all.После этого в сообщении командной строки предлагалось обновить базовые настройки conda.Теперь по какой-то причине у меня возникла пара вопросов.Во-первых, я не могу запустить jupyter lab, даже после попытки переустановить conda install jupyter.И во-вторых, я получаю это новое предупреждающее сообщение.

    WARNING conda.base.context:use_only_tar_bz2(632):
 Conda is constrained to only using the old .tar.bz2
 file format because you have conda-build installed,
 and it is <3.18.3.  Update or remove conda-build to
 get smaller downloads and faster extractions.

Итак, я посмотрел и нашел сегодня сообщение в блоге о том, как сделать Анаконду быстрее.Но пост, кажется, больше информации и не рекомендует обновлять сразу.

Вот вывод conda info.

     active environment : XXX
    active env location : XXX
            shell level : 2
       user config file : ../.condarc
 populated config files : ../.condarc
          conda version : 4.7.5
    conda-build version : 3.17.8
         python version : 3.6.6.final.0
       virtual packages : __cuda=10.1
       base environment : ../anaconda3  (writable)
           channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : ../.conda/pkgs
       envs directories : ../.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.7.5 requests/2.22.0 CPython/3.6.6 Linux/4.15.0-50-generic ubuntu/18.04.2 glibc/2.27
                UID:GID : 1000:1000
             netrc file : None
           offline mode : False

Кто-нибудь еще сталкивался с этой проблемой?Должен ли я удалить свой старый дистрибутив anaconda и загрузить и установить новую версию 4.7, или есть более простое исправление?

ОБНОВЛЕНИЕ

Итак, я опубликовал эту проблему врепо conda на Github.Текущий выпуск, открытый против этой проблемы, упомянут ниже.В соответствии с msarahan вот в чем суть проблемы и просто временный обходной путь

https://github.com/conda/conda/issues/8842

1. anaconda представляет собой метапакет.Каждая версия состоит из набора версий, которые прошли QA вместе в виде набора.Если вы измените какую-либо версию какого-либо пакета в этой коллекции, у вас больше не будет этого метапакета, потому что вы отклонились от этого известного набора.Существует специальная версия этого метапакета, custom, которая предназначена для обработки этого ослабления ограничений.«Пользовательская» версия зависит только от конкретной версии python - она ​​снимает ограничения для всех других пакетов.

2. conda 4.7 создает кандидатов для добавления в отличие от более ранних версий conda.Он начинается со спецификаций из истории и пытается ограничить возможности, чтобы ускорить решение.Когда conda находит метапакет anaconda с «пользовательской» версией, он сохраняет его, но все эти другие зависимости теперь становятся сиротами.Вот почему Конда удаляет их - у них нет истории в истории, которая говорит Конде оставить их.

Вы можете восстановить их, запустив conda install --only-deps anaconda.С тех пор все эти пакеты считаются частью вашей явной истории, и у вас больше не возникнет подобных проблем.

Answer 1

conda activate base  # or just conda deactivate
conda update conda-build

(или просто conda update -n base -c defaults conda-build)

Если это не помогло, попробуйте откатиться до обновления до 4.7.5, как предлагает @LeninGF, затем удалить метаданные conda, очиститьКонда, затем попробуйте обновить снова, то есть

conda list --revisions  # find number, x, before the update
conda install --revision x
rm -rf ~/.conda
conda clean --all
conda update conda

Answer 2

Я просто столкнулся с той же проблемой при обновлении. Следующее помогло мне восстановить базовую среду. Я тестирую в другой среде, чтобы проверить, работает ли он.

conda list --revisions
conda install --revision  dd

Где dd - номер ревизии, к которой вы хотите вернуться

Например:

conda install --revision 8

Это помогло мне восстановить базовую среду conda. К сожалению, для созданной мной среды tenorflow мне пришлось переустанавливать ее. Также рекомендуется создать yaml-файл вашей среды, как только он заработает, чтобы вы могли переустановить его в любое время. Это сделано с

conda env export > name.yaml

Вам нужно активировать среду anaconda, чтобы она работала, и указать место на диске, где вы хотите сохранить файл.

Для создания среды из файла yaml просто используйте:

conda env create -f name.yaml

Чтобы упростить процесс, я привожу здесь результат, полученный для своей среды tenorflow-gpu (вы можете видеть, что у меня до 11 ревизий). Не эксперт по conda, но кажется, что редакции работают как git , записывая ваши изменения и позволяя вам вернуться к ним. Однако, кажется также, что это зависит от погоды, у вас есть резервные файлы установок в среде conda, которые, вероятно, теряются при запуске команды conda clean:

(base) leninml@Lenin:~$ conda activate tf_gpu_10
(tf_gpu_10) leninml@Lenin:~$ conda list --revisions
2019-06-26 12:50:10  (rev 0)

2019-06-26 12:59:19  (rev 1)
    +_tflow_select-2.1.0 (anaconda)
    +absl-py-0.7.1 (anaconda)
    +astor-0.7.1 (anaconda)
    +blas-1.0 (anaconda)
    +c-ares-1.15.0 (anaconda)
    +ca-certificates-2019.5.15 (anaconda)
    +certifi-2019.6.16 (anaconda)
    +cudatoolkit-10.0.130 (anaconda)
    +cudnn-7.6.0 (anaconda)
    +cupti-10.0.130 (anaconda)
    +gast-0.2.2 (anaconda)
    +grpcio-1.16.1 (anaconda)
    +h5py-2.9.0 (anaconda)
    +hdf5-1.10.4 (anaconda)
    +intel-openmp-2019.4 (anaconda)
    +keras-applications-1.0.8 (anaconda)
    +keras-preprocessing-1.1.0 (anaconda)
    +libedit-3.1.20181209 (anaconda)
    +libffi-3.2.1 (anaconda)
    +libgcc-ng-9.1.0 (anaconda)
    +libgfortran-ng-7.3.0 (anaconda)
    +libprotobuf-3.8.0 (anaconda)
    +libstdcxx-ng-9.1.0 (anaconda)
    +markdown-3.1.1 (anaconda)
    +mkl-2019.4 (anaconda)
    +mkl_fft-1.0.12 (anaconda)
    +mkl_random-1.0.2 (anaconda)
    +mock-3.0.5 (anaconda)
    +ncurses-6.1 (anaconda)
    +numpy-1.16.4 (anaconda)
    +numpy-base-1.16.4 (anaconda)
    +openssl-1.1.1 (anaconda)
    +pip-19.1.1 (anaconda)
    +protobuf-3.8.0 (anaconda)
    +python-3.7.3 (anaconda)
    +readline-7.0 (anaconda)
    +scipy-1.2.1 (anaconda)
    +setuptools-41.0.1 (anaconda)
    +six-1.12.0 (anaconda)
    +sqlite-3.28.0 (anaconda)
    +tensorboard-1.13.1 (anaconda)
    +tensorflow-1.13.1 (anaconda)
    +tensorflow-base-1.13.1 (anaconda)
    +tensorflow-estimator-1.13.0 (anaconda)
    +tensorflow-gpu-1.13.1 (anaconda)
    +termcolor-1.1.0 (anaconda)
    +tk-8.6.8 (anaconda)
    +werkzeug-0.15.4 (anaconda)
    +wheel-0.33.4 (anaconda)
    +xz-5.2.4 (anaconda)
    +zlib-1.2.11 (anaconda)

2019-06-26 13:00:52  (rev 2)
    +backcall-0.1.0 (anaconda)
    +decorator-4.4.0 (anaconda)
    +ipython-7.5.0 (anaconda)
    +ipython_genutils-0.2.0 (anaconda)
    +jedi-0.13.3 (anaconda)
    +parso-0.4.0 (anaconda)
    +pexpect-4.7.0 (anaconda)
    +pickleshare-0.7.5 (anaconda)
    +prompt_toolkit-2.0.9 (anaconda)
    +ptyprocess-0.6.0 (anaconda)
    +pygments-2.4.2 (anaconda)
    +traitlets-4.3.2 (anaconda)
    +wcwidth-0.1.7 (anaconda)

2019-06-26 13:05:42  (rev 3)
     blas  {1.0 (anaconda) -> 2.7 (conda-forge)}
     ca-certificates  {2019.5.15 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     certifi  {2019.6.16 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     grpcio  {1.16.1 (anaconda) -> 1.16.1}
     mkl_fft  {1.0.12 (anaconda) -> 1.0.13 (conda-forge)}
     mkl_random  {1.0.2 (anaconda) -> 1.0.4 (conda-forge)}
     numpy  {1.16.4 (anaconda) -> 1.16.4}
     numpy-base  {1.16.4 (anaconda) -> 1.16.4}
     openssl  {1.1.1 (anaconda) -> 1.1.1b (conda-forge)}
     scipy  {1.2.1 (anaconda) -> 1.3.0 (conda-forge)}
    +joblib-0.13.2 (conda-forge)
    +libblas-3.8.0 (conda-forge)
    +libcblas-3.8.0 (conda-forge)
    +liblapack-3.8.0 (conda-forge)
    +liblapacke-3.8.0 (conda-forge)
    +libopenblas-0.3.6
    +openblas-0.3.5 (conda-forge)
    +scikit-learn-0.21.2 (conda-forge)

2019-06-26 13:08:05  (rev 4)
     tk  {8.6.8 (anaconda) -> 8.6.9 (conda-forge)}
    +cycler-0.10.0 (conda-forge)
    +dbus-1.13.6 (conda-forge)
    +expat-2.2.5 (conda-forge)
    +fontconfig-2.13.1 (conda-forge)
    +freetype-2.10.0 (conda-forge)
    +gettext-0.19.8.1 (conda-forge)
    +glib-2.58.3 (conda-forge)
    +gst-plugins-base-1.14.5 (conda-forge)
    +gstreamer-1.14.5 (conda-forge)
    +icu-58.2 (conda-forge)
    +jpeg-9c (conda-forge)
    +kiwisolver-1.1.0 (conda-forge)
    +libiconv-1.15 (conda-forge)
    +libpng-1.6.37 (conda-forge)
    +libuuid-2.32.1 (conda-forge)
    +libxcb-1.13 (conda-forge)
    +libxml2-2.9.9 (conda-forge)
    +matplotlib-3.1.0 (conda-forge)
    +matplotlib-base-3.1.0 (conda-forge)
    +pcre-8.41 (conda-forge)
    +pthread-stubs-0.4 (conda-forge)
    +pyparsing-2.4.0 (conda-forge)
    +pyqt-5.9.2 (conda-forge)
    +python-dateutil-2.8.0 (conda-forge)
    +qt-5.9.7 (conda-forge)
    +sip-4.19.8 (conda-forge)
    +tornado-6.0.3 (conda-forge)
    +xorg-libxau-1.0.9 (conda-forge)
    +xorg-libxdmcp-1.1.3 (conda-forge)

2019-06-26 13:10:31  (rev 5)
     ca-certificates  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.5.15 (anaconda)}
     certifi  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.6.16 (anaconda)}
     openssl  {1.1.1b (conda-forge) -> 1.1.1 (anaconda)}
    +cloudpickle-1.1.1 (anaconda)
    +cytoolz-0.9.0.1 (anaconda)
    +dask-core-1.2.2 (anaconda)
    +imageio-2.5.0 (anaconda)
    +libtiff-4.0.10 (anaconda)
    +networkx-2.3 (anaconda)
    +olefile-0.46 (anaconda)
    +pillow-6.0.0 (anaconda)
    +pywavelets-1.0.3 (anaconda)
    +scikit-image-0.15.0 (anaconda)
    +toolz-0.9.0 (anaconda)
    +zstd-1.3.7 (anaconda)

2019-06-26 13:12:14  (rev 6)
     ca-certificates  {2019.5.15 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     certifi  {2019.6.16 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     openssl  {1.1.1 (anaconda) -> 1.1.1b (conda-forge)}
    +tensorflow-hub-0.5.0 (conda-forge)

2019-06-26 13:13:00  (rev 7)
     tensorboard  {1.13.1 (anaconda) -> 1.13.1 (conda-forge)}

2019-06-26 13:13:47  (rev 8)
     ca-certificates  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.5.15 (anaconda)}
     certifi  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.6.16 (anaconda)}
     openssl  {1.1.1b (conda-forge) -> 1.1.1 (anaconda)}
    +pandas-0.24.2 (anaconda)
    +pytz-2019.1 (anaconda)

2019-06-26 13:14:36  (rev 9)
     ca-certificates  {2019.5.15 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     certifi  {2019.6.16 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     openssl  {1.1.1 (anaconda) -> 1.1.1b (conda-forge)}
    +pydicom-1.2.2 (conda-forge)

2019-06-26 13:19:06  (rev 10)
     ca-certificates  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.5.15 (anaconda)}
     certifi  {2019.6.16 (conda-forge) -> 2019.6.16 (anaconda)}
     openssl  {1.1.1b (conda-forge) -> 1.1.1 (anaconda)}
    +attrs-19.1.0 (anaconda)
    +bleach-3.1.0 (anaconda)
    +defusedxml-0.6.0 (anaconda)
    +entrypoints-0.3 (anaconda)
    +gmp-6.1.2 (anaconda)
    +ipykernel-5.1.1 (anaconda)
    +ipywidgets-7.4.2 (anaconda)
    +jinja2-2.10.1 (anaconda)
    +jsonschema-3.0.1 (anaconda)
    +jupyter-1.0.0 (anaconda)
    +jupyter_client-5.2.4 (anaconda)
    +jupyter_console-6.0.0 (anaconda)
    +jupyter_core-4.4.0 (anaconda)
    +libsodium-1.0.16 (anaconda)
    +markupsafe-1.1.1 (anaconda)
    +mistune-0.8.4 (anaconda)
    +nbconvert-5.5.0 (anaconda)
    +nbformat-4.4.0 (anaconda)
    +notebook-5.7.8 (anaconda)
    +pandoc-2.2.3.2 (anaconda)
    +pandocfilters-1.4.2 (anaconda)
    +prometheus_client-0.6.0 (anaconda)
    +pyrsistent-0.14.11 (anaconda)
    +pyzmq-18.0.0 (anaconda)
    +qtconsole-4.5.1 (anaconda)
    +send2trash-1.5.0 (anaconda)
    +terminado-0.8.2 (anaconda)
    +testpath-0.4.2 (anaconda)
    +webencodings-0.5.1 (anaconda)
    +widgetsnbextension-3.4.2 (anaconda)
    +zeromq-4.3.1 (anaconda)

2019-06-26 13:33:00  (rev 11)
     ca-certificates  {2019.5.15 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     certifi  {2019.6.16 (anaconda) -> 2019.6.16 (conda-forge)}
     openssl  {1.1.1 (anaconda) -> 1.1.1b (conda-forge)}
    +binutils_impl_linux-64-2.31.1
    +binutils_linux-64-2.31.1
    +gcc_impl_linux-64-7.3.0 (conda-forge)
    +gcc_linux-64-7.3.0 (conda-forge)
    +gxx_impl_linux-64-7.3.0 (conda-forge)
    +gxx_linux-64-7.3.0 (conda-forge)
    +keras-2.2.4 (conda-forge)
    +libgpuarray-0.7.6 (conda-forge)
    +mako-1.0.10 (conda-forge)
    +pygpu-0.7.6 (conda-forge)
    +pyyaml-5.1.1 (conda-forge)
    +theano-1.0.4 (conda-forge)
    +yaml-0.1.7 (conda-forge)

Answer 3

Для меня решение было (в приглашении Анаконды) выполнить следующее:

• conda install anaconda
• conda update conda-build
• conda update --all

После этого предупреждающее сообщение исчезнет, ​​и я снова смогу обновить / установить пакеты.

Answer 4

Команда conda update conda-build также работает для меня, и нет необходимости сначала запускать pip install conda-build перед ее запуском.

После этого предупреждение исчезло.

Answer 5

conda update conda-build

Выход:

The following packages will be UPDATED:
conda-build                                 3.17.8-py37_0 --> 3.18.5-py37_0

Вывод команды conda info (conda-build обновлен с 3.17.8):

     active environment : None
       user config file : /Users/<user>/.condarc
 populated config files : /Users/<user>/.condarc
          conda version : 4.7.5
    conda-build version : 3.18.5
         python version : 3.7.3.final.0
       virtual packages : 
       base environment : /Users/<user>/anaconda3  (writable)
           channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /Users/<user>/anaconda3/pkgs
                          /Users/<user>/.conda/pkgs
       envs directories : /Users/<user>/anaconda3/envs
                          /Users/<user>/.conda/envs
               platform : osx-64
             user-agent : conda/4.7.5 requests/2.21.0 CPython/3.7.3 Darwin/18.5.0 OSX/10.14.4
                UID:GID : 501:20
             netrc file : /Users/<user>/.netrc
           offline mode : False

Answer 6

Я сделал следующие вещи: Пробовал и удалить и обновить conda-build, однако пакет

не найден

1. Pip install conda-build
2. Это дало мне ошибку, но я мог сделать потом
3. Conda install conda-build

Проблема решена

Надеюсь, это поможет

Answer 7

Я использую Linux64, и после вчерашней установки у меня возникла следующая проблема: предупреждение об обновлении «conda-build» сопровождалось « Conda ограничена использованием только старого формата файла .tar.bz2, поскольку у вас есть conda-установлен, и он <3.18.3. Обновите или удалите conda-build, чтобы загружать меньше и быстрее извлекать</em>".Я выполнил шаги, указанные @msarahan в выпуске GitHub - перейдите по адресу: https://github.com/conda/conda/issues/8832.

Шаги:

1 - установите anaconda с https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh
2 - обновление conda: обновление conda conda
3 - установка conda hdf5 - " см. Предупреждение "
4 - обновление conda conda-build "(conda-build является частью anaconda с 2018.12 г., IIRC) "

5 - conda install hdf5 -" предупреждение пропало"

У меня работает.Надеюсь, это поможет.