Создание цикла for, который будет составлять графики и давать им правильное название - PullRequest
0 голосов
/ 20 апреля 2019

Проблема в цикле.Кажется, что он не подбирает заголовок для каждого графика, созданного с помощью функции AAstat.

prot_seq <- read.fasta("FGF2-ortholog-proteins", seqtype = "AA" )       
anns <- (getAnnot(prot_seq))
org_names <- c("Homo sapiens", "Pan troglodytes", "Gallus gallus", "Rattus norvegicus", "Mus musculus", "Canis lupus familiaris")
all_seq <- getSequence(prot_seq)
for (i in all_seq) {
  AAstat(i)
  title(org_names[i])
}

На выходе должны быть разные графики разных аминокислотных последовательностей с правильным названием выше (название организма).Но все, что я получаю, это сюжет без заголовка.

1 Ответ

0 голосов
/ 20 апреля 2019

Поскольку вы просматриваете all_seq с:

for (i in all_seq) {

значениями i будут последовательности в all_seq, а не числовой индекс, который можно использовать для подмножества org_names.

Чтобы запустить цикл так, как вы хотите, вы должны выполнить цикл с seq_along, чтобы получить числовые индексы, а затем использовать их для подмножества all_seq в цикле:

for (i in seq_along(all_seq)) {
      AAstat(all_seq[i])
      title(org_names[i])
}
...