Я полагаю, вы используете typeorm?и User - ваш пользовательский репозиторий?
Так что в этом случае небольшое изменение должно сделать
getById: async(ctx) => {
console.log('from user controller', ctx);
return User.find({ where: {_id: ctx.request.body.id} })
}
(Также убедитесь, что вы где-то санировали свой ввод)