Файл MERGE_HEAD существует, когда вы находитесь в процессе слияния двух ветвей. Вполне вероятно, что ваша текущая ветвь находится в состоянии несуществующего слияния.
Если вы используете Git> 1.6.1, вы можете использовать git reset --merge, чтобы восстановить текущую ветку обратно в состояние, в котором она была до слияния.
Затем вы можете зафиксировать и, наконец, объединить мастер:
git commit -m "Some message"
git checkout master
git pull origin master
git checkout {branch}
git merge master