VS2008 поддерживает C # 3 - возможно, вы используете специфичные для C # 3 функции, все еще ориентируясь на .NET 2.0.
Есть ли веская причина, по которой вы не можете установить .NET 3.5 на сервер сборки? Это было бы моим предпочтительным решением, а не регрессом версии VS, которую вы используете.
Вы могли бы, вероятно, автоматизировать понижение версии файлов решения / проекта - если вы не делаете ничего сложного, это будет просто вопрос изменения номеров версий - но это не здорово, если сервер сборки использует другой компилятор разработчики, ИМО.