Я не думаю, что в настоящее время Flink поддерживает что-то вроде PreparedStatement в JDBC.Вариант использования Flink немного отличается от построения веб-приложений, и я не совсем уверен, нужна ли ему защита от SQL-инъекций, например, приложения, работающие непосредственно с базой данных.
Я не уверен, каков Ваш вариант использования, но технически Вы можете взглянуть на эту библиотеку, которая предлагает возможность создавать готовые операторы в автономном режиме.