R Продолжить t.test в карте-функции, хотя наблюдений недостаточно - PullRequest
Новая
       48

R Продолжить t.test в карте-функции, хотя наблюдений недостаточно

1 голос
/ 15 марта 2019

В моем примере данных у меня есть 3 кадра.Каждый df имеет 2 переменные (varA и varB) на порог.Есть 3 порога (1, 2, 3): 

df1 <- tibble(
var1A= rnorm(1:10) +1,
var1B= rnorm(1:10) +1,
var2A= rnorm(1:10) +2,
var2B= rnorm(1:10) +2,
var3A= rnorm(1:10) +3,
var3B= rnorm(1:10) +3)


df2 <- tibble(
var1A= rnorm(1:10) +1,
var1B= rnorm(1:10) +1,
var2A= rnorm(1:10) +2,
var2B= rnorm(1:10) +2,
var3A= rnorm(1:10) +3,
var3B= rnorm(1:10) +3)


df3 <- tibble(
var1A= rnorm(1:10) +1,
var1B= NA,
var2A= rnorm(1:10) +2,
var2B= rnorm(1:10) +2,
var3A= rnorm(1:10) +3,
var3B= rnorm(1:10) +3)

Теперь я хочу выполнить t.test для каждой переменной t.test(varA, varB) и для каждого порога (1, 2, 3).Поскольку у меня больше 1 df, я помещаю все df в функцию map и отображаю t.test для всех df и применяю t.test для всех порогов: 

thresholds = c(1, 2, 3)

list_dfs = c('df1','df2','df3')

map(list_dfs,
function(df_name){
  x <- get(df_name)
  lapply(thresholds, function(i){
    t.test(x %>%
             pull(paste0("var",i,"A")), 
           x %>% 
             pull(paste0("var",i,"B")))
  }) %>% 
    map_df(broom::tidy) %>% 
    add_column(.before = 'estimate',
               df = df_name, 
               threshold = thresholds)
}) %>% 
do.call(rbind, .)

Этот код отобразит все результатыв один деньНо проблема в том, что var1B в df3 пусто.Весь столбец NA.

Как я могу выполнить функцию карты, хотя для var1B наблюдений недостаточно?Вот мой желаемый вывод: 

# A tibble: 9 x 12
  df    threshold estimate estimate1 estimate2 statistic p.value parameter conf.low conf.high method
  <chr>     <dbl>    <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>   <dbl>     <dbl>    <dbl>     <dbl> <chr> 
1 df1           1  -0.582      0.992     1.57    -1.43     0.170      16.6   -1.44      0.276 Welch~
2 df1           2   0.271      2.75      2.48     0.654    0.522      17.8   -0.601     1.14  Welch~
3 df1           3  -0.250      3.12      3.37    -0.544    0.593      17.7   -1.22      0.716 Welch~
4 df2           1  -0.169      0.747     0.916   -0.407    0.690      15.3   -1.05      0.714 Welch~
5 df2           2   0.0259     1.94      1.91     0.0702   0.945      17.9   -0.748     0.800 Welch~
6 df2           3   0.496      3.28      2.79     1.11     0.281      17.5   -0.444     1.44  Welch~
7 df3           1   NA         NA        NA       NA       NA         NA      NA        NA    NA   
8 df3           2  -0.274      1.99      2.26    -0.650    0.525      15.8   -1.17      0.622 Welch~
9 df3           3   0.407      3.34      2.93     0.920    0.371      16.6   -0.529     1.34  Welch~

Поскольку varB для порога 1 в df3 ist NA строка 7 в выводе также NA

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 16 марта 2019

То, что я хотел бы сделать, это объединить data.frame s в другом формате - так, чтобы части "A" были в одной части data.frame, а части "B" - в другой: 

dfs <- cbind(df1=df1, df2=df2, df3=df3)
dfA <- dfs[,grep("A$", colnames(dfs))]
dfB <- dfs[,grep("B$", colnames(dfs))]

Тогда все намного проще: 

doTtest <- function(x, y) {
  if(any(!is.na(x)) & any(!is.na(y)))
    broom::tidy(t.test(x,y))
  else
    rep(NA, 10)
}
res <- as.data.frame(t(mapply(doTtest, dfA, dfB)))

В качестве альтернативы вы можете использовать удобную библиотеку matrixTests: 

library(matrixTests)
> col_t_welch(dfA, dfB)
          obs.x obs.y obs.tot    mean.x    mean.y   mean.diff     var.x     var.y    stderr       df  statistic     pvalue   conf.low conf.high alternative mean.null conf.level
df1.var1A    10    10      20 1.5436119 0.7488449  0.79476695 0.2993602 0.5481971 0.2911284 16.57158  2.7299537 0.01449227  0.1793279 1.4102060   two.sided         0       0.95
df1.var2A    10    10      20 2.2205661 2.2320260 -0.01145988 0.4832561 0.5249799 0.3175273 17.96923 -0.0360910 0.97160771 -0.6786419 0.6557222   two.sided         0       0.95
df1.var3A    10    10      20 3.0457651 2.7835908  0.26217424 1.2998193 1.9933106 0.5738580 17.23565  0.4568626 0.65347516 -0.9473005 1.4716490   two.sided         0       0.95
df2.var1A    10    10      20 1.7233471 1.2761199  0.44722715 0.9328694 1.3631385 0.4791668 17.38932  0.9333434 0.36342238 -0.5620050 1.4564593   two.sided         0       0.95
df2.var2A    10    10      20 1.9278754 2.6368740 -0.70899858 1.0966493 0.6907785 0.4227798 17.11741 -1.6769925 0.11170922 -1.6005202 0.1825230   two.sided         0       0.95
df2.var3A    10    10      20 3.1245106 2.9569952  0.16751542 1.0357228 0.8209887 0.4308958 17.76242  0.3887609 0.70207375 -0.7386317 1.0736625   two.sided         0       0.95
df3.var1A    10     0      10 0.6804275       NaN         NaN 0.6015624 0.0000000       NaN      NaN         NA         NA         NA        NA   two.sided         0       0.95
df3.var2A    10    10      20 2.0143381 1.9223843  0.09195379 0.7837613 0.7611496 0.3930535 17.99614  0.2339472 0.81766669 -0.7338338 0.9177413   two.sided         0       0.95
df3.var3A    10    10      20 3.0156624 3.2768350 -0.26117263 1.5437758 1.2608029 0.5295827 17.81860 -0.4931668 0.62791751 -1.3745971 0.8522518   two.sided         0       0.95
0 голосов
/ 20 марта 2019

Другая возможность - поместить t.test в несколько функций if else. Если сумма всех переменных A и B НЕ равна 0, выполните t.test. Остальное паста NA

map(list_dfs,
function(df_name){
  x <- get(df_name)
  lapply(thresholds, function(i){
    if(sum(x%>%pull(paste0("var",i,"A")), na.rm = T) != 0){
      if(sum(x%>%pull(paste0("var",i,"B")), na.rm = T) != 0){
    t.test(x %>%
             pull(paste0("var",i,"A")), 
           x %>% 
             pull(paste0("var",i,"B")))
      } else NA
    } else NA

  }) %>% 
    map_df(broom::tidy)%>%
    add_column(.before = 'estimate',
               df = df_name, 
               threshold = thresholds)  
})      %>% bind_rows()
...