Как правило, способ решения этой проблемы заключается не в перемещении данных в новую базу данных, а в использовании оператора SQL ALTER для добавления или удаления нужных столбцов из старой базы данных на месте. Установщик новой программы должен быть достаточно умен, чтобы обнаружить старый файл базы данных, и вы пишете код для установщика (или проверки при запуске программы), который может обработать процесс обновления.
Это особенно хорошо работает, если вы правильно управляете источником. При управлении исходным кодом вы должны фиксировать или регистрировать изменения для кода, но нет смысла вносить изменения, для которых в базе данных должен быть столбец, который еще не доступен. Таким образом, хорошая среда управления исходным кодом рекомендует вам написать оператор ALTER, чтобы добавить этот столбец в качестве части остальной части функциональности. Кому-то еще нужен другой столбец в той же таблице? Они пишут свое собственное заявление ALTER. Позже их ветвь может слиться с вашей, но база данных все равно окажется именно такой, какой она должна быть. Более того, эти фиксации в проекте базы данных могут быть собраны и использованы для процесса обновления, когда вы будете готовы опубликовать приложение.