Как открыть очень большое целое изображение слайда, заданное как файл изображения .tif, используя Java? - PullRequest
0 голосов
/ 30 мая 2019

У меня есть несколько файлов изображений в формате .tif, все они очень большие ~ 3.1 - 3.5 ГБ!

Как я знаю, все эти файлы tif имеют структуру пирамиды из 10 изображений внутри. Итак, каждое изображение внутри .tif имеет 10 разных разрешений. Мы называем это Whole Slide Image, этот вид изображений используется в гистопатологических случаях (сканирование тканей с раком).

Я пытался написать Java-приложение на основе SWING, JavaFX, Eclipse SWT, библиотеки TwelveMonkeys, все они работали со стандартным простым .tif-файлом от Google. Но никто не работал с моими большими файлами .tif. Я также нашел два приложения на GitHub, одно из которых было построено с помощью Java Swing, а другое с JavaFX, оба имеют привязки OpenSlide Java в качестве подстилающей части. Как я вижу, интеграция была очень сложной, поэтому я хочу избегать использования в C написанных Java-привязок OpenSlide (насколько я знаю, они также не стабильны).

Я ищу простой способ открывать и отображать мои файлы. Есть предложения?

Один из этих файлов вы можете скачать здесь: FTP: //parrot.genomics.cn/gigadb/pub/10.5524/100001_101000/100439/CAMELYON16/training/normal/normal_001.tif

...