Используйте SVG или PNG для файла изображения иконки.
https://specifications.freedesktop.org/icon-theme-spec/icon-theme-spec-latest.html
Некоторые другие форматы изображений не поддерживают прозрачный пробел.Я рекомендую тестировать ваши иконки в средстве просмотра изображений, которое поддерживает пробелы.Если вы получаете подобный эффект, имейте в виду, что это не в программе редактирования, а в том, что вы видите в библиотеке декодирования изображений, которая имеет смысл изображения, тогда вам следует попытаться изменить формат изображения на другой формат, который поддерживает прозрачный пробел.Если вы используете Gnome, Eye of Gnome, средство просмотра изображений по умолчанию, должно показывать серый клетчатый узор там, где есть пробел.