Конечно, Windows Mobile - такая приличная система Microsoft, что Visual Studio в Windows - очевидный (единственный?) Выбор?
В противном случае, я думаю, это будет эквивалент Mono .Net Compact Framework, предположительно с использованием Mono Develop.
Зачем вам разрабатывать для Windows Mobile с использованием Linux, кажется странным заняться.