Импорт Reticulate завершается неудачно в консоли RStudio, но работает в сеансе R, открытом в терминале - PullRequest
Новая
       15

Импорт Reticulate завершается неудачно в консоли RStudio, но работает в сеансе R, открытом в терминале

0 голосов
/ 04 мая 2019

R версия : 3.6.0 (2019-04-26)

Версия RStudio : 1.2.1335

У меня есть среда conda, и я использую ее для разработки в RStudio.

Чтобы настроить это, я делаю следующее: 

    library(reticulate)
    reticulate::use_condaenv(condaenv="myenv1",  required = T)

После запуска этого на RStudio (который работает без ошибок) следующий код выдаст ошибку: 

    reticulate::import("ssl")

Ошибка в py_module_import (module, convert = convert): ErrorError: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libssl.so.1.1: версия `OPENSSL_1_1_1 'не найдена (требуется для /home/tds/anaconda3/envs/myenv1/lib/python3.7/lib-pyyn3/_ssl .cpython-37m-x86_64-линукс-gnu.so)

Что удивительно, когда я открываю сеанс R на терминале, эта кодовая последовательность работает просто отлично.

Я уже проверял переменные окружения между сеансом RStudio R и терминалом R R сеанса, и уже установил все переменные RStudio R как сеанс терминала R, и ошибка все еще сохраняется. То, как я это сделал, было связано с вызовом Sys.setenv до library(reticulate): 

Sys.setenv(CONDA_DEFAULT_ENV="base")
Sys.setenv(CONDA_EXE="/home/tds/anaconda3/bin/conda")
Sys.setenv(CONDA_PREFIX="/home/tds/anaconda3")
Sys.setenv(CONDA_PROMPT_MODIFIER="(base)")
Sys.setenv(CONDA_PYTHON_EXE="/home/tds/anaconda3/bin/python")
Sys.setenv(CONDA_SHLVL="1")
Sys.setenv(PATH="/home/tds/anaconda3/bin:/home/tds/anaconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/home/tds/.dotnet/tools:/home/tds/.dotnet/tools:/home/tds/.local:/home/tds/.dotnet/tools:/home/tds/.local:/home/tds/.dotnet/tools:/home/tds/.local")
Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/R/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/jvm/default-java/lib/server:/usr/lib/R/lib::/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/jvm/default-java/lib/server")

Что мне искать дальше, чтобы понять, что не так в моей настройке?

Заранее спасибо!

...