WMS-запросы полностью независимы друг от друга, поэтому GeoServer не может сказать, что вы намереваетесь отображать два слоя поверх друг друга.Поэтому он ничего не может сделать автоматически, чтобы ваши две метки не накладывались друг на друга.
Вы можете избежать этого, объединив два слоя в один запрос, это нужно как-то сделать в вашем клиенте.
В качестве альтернативы, вы можете изменить два файла SLD, которые генерируют ваш метки для добавления положительного и отрицательного смещения от позиции метки, так что эти две метки с меньшей вероятностью будут перекрываться.