В этих случаях я всегда помещаю прото-файлы в их собственный репозиторий.Например, если вы используете git, вы затем используете репозиторий с файлами определений в обоих ваших проектах как подмодуль .
В итоге у вас будет три репозитория:
- Определения сообщений
- Проект A
- Проект B
Проекты A и B будут ссылаться на хранилище определений сообщений.