Не знаю, почему мой совершенно законный вопрос был отвергнут, но после нескольких часов исследований я решил свою проблему.
Tensorflow 1.2's Tensorboard сломан вот так. Я установил отдельный venv, на котором я установил TF 1.3 только для тензорной доски. Затем я смог экспортировать фактически полный файл SVG.
Примечание для всех, кто читает это, TF 1.3 не не работает с CUDA 6 на момент написания.