Используйте команду импорта
$ import -window root -resize 400x300 -delay 200 screenshot.png
Требуется только запустить X-сервер, он не вызовет никакого интерфейса.
Или использование python3 + OpenCV
$ pip3 install python3_xlib python-xlib
$ pip3 install pillow imutils
$ pip3 install opencv-python
$ cat screen.py
import numpy as np
import pyautogui
import imutils
import cv2
image = pyautogui.screenshot()
image = cv2.cvtColor(np.array(image), cv2.COLOR_RGB2BGR)
cv2.imwrite("in_memory_to_disk.png", image)
$ python3 screen.py
Это не приносит никакого интерфейса,скрипт просто запустится и выйдет