Чтение координаты x из столбца 1 в этом случае неэффективно. Чтобы использовать порядок отсортированного файла, используйте столбец 0 (номер строки):
plot '< sort -n -k2 statistics.dat' u 0:2:3 w errorbars
В зависимости от характера ваших данных и того, что вы пытаетесь показать на графике, может быть лучше просто использовать среднее значение в столбце 2 в качестве координаты x (дополнительная сортировка не требуется):
plot 'statistics.dat' using 2:2:3 with errorbars
Если исходный порядок файлов имеет некоторое внутреннее значение, вы также можете захотеть как-то закодировать исходный порядок, возможно, в виде меток x, возможно в виде цветового диапазона:
plot 'statistics.dat' using 2:2:3:1 with errorbars lc palette