Windows Forms были, когда это было сделано, ЕДИНСТВЕННЫМ (Microsoft) средством создания графического пользовательского интерфейса на рабочем столе.
SendKeys и буфер обмена используют Windows API для управления приложениями с графическим интерфейсом. Когда это было создано, было разумно предположить, что они будут использоваться из программы с графическим интерфейсом, которая (тогда) означала приложение Windows Forms.
Ни один из них, как правило, не использовался бы из консольного приложения, но если бы вы это делали, включая сборку "окон" (которая в то время означала формы Windows), это было разумно, поскольку вы работа с системой Windows.
Я согласен, однако, что теперь, когда существует WPF, было бы лучше иметь их в отдельной сборке. Тем не менее, Microsoft очень хорошо поддерживает обратную совместимость.
Для этого они оставили это в пространствах имен Windows Forms, но также реализовали System.Windows.Clipboard для приложений WPF. (Я полагаю, что они решили, что SendKeys не требовался в современной разработке, так как им немного злоупотребляли, и просто умышленно это исключили.)