Я решил это сам. В случае, если это пригодится кому-то еще, ответ был найден
здесь
По сути, перед запуском Eclipse я набираю:
export GTK_IM_MODULE=ibus
Значение по умолчанию, похоже, xim
, и, очевидно, ответственно за ряд проблем. Можно сделать небольшой скрипт для автоматического выполнения этого назначения, а затем вызвать eclipse.
Это решило мою проблему.