Метод, описанный выше Джеффом Хиллманом, эффективен для того, чтобы сделать окно прозрачным, что должно дать вам возможность выглядеть так, как будто это часть рабочего стола (которую вы упомянули - ваша цель.
Одна из проблем, с которой вы можете столкнуться, с которой я недавно столкнулся, - это рисование в окне с установленными флагами сглаживания. В частности, используя DrawText, любой текст, который отображается с установленным флагом сглаживания, отображается так, как если бы фон НЕ был прозрачным. Конечным результатом является то, что вы получаете текст с небольшой нечеткой рамкой вокруг него. Я уверен, что это будет справедливо и для всего остального, хотя я не пробовал.
Есть какие-нибудь мысли о том, как решить эту проблему?