Как создать базу данных 3D данных HDF5 для pycaffe?

Question

Мой вопрос может показаться легким, однако у меня возникают трудности при создании набора данных Hdf5 из моих медицинских изображений 3D, которые были сохранены в формате nii как для изображений, так и для ручной сегментации (файлы меток). Мои вопросы:

1. Форма шарика в pycaffe равна N*C*W*H, это другой порядок в matcaffe? например, в pycaffe форма данных будет иметь размер 1*1*60*320*320 для объема в оттенках серого с шириной и высотой 320 на 320 и 60 срезов. Я попытался использовать код Matlab для создания набора данных HDF5 для 3D-данных, и порядок следования больших двоичных объектов в файле hdf5info составляет 320*320*60*1*1 для data и label. Как мне изменить порядок в коде Matlab, чтобы он был читаем в Pycaffe?
2. Есть ли какой-нибудь код на Python для создания базы данных hdf5 для трехмерных данных?
3. если я создам данные hdf5 в Matlab и использую список пикафф, это вызовет проблему?

Спасибо

Answer 1

Matlab упорядочивает элементы в массивах ND от первого измерения до последнего (например, fortran ), в то время как caffe и hdf5 хранят массивы от последнего измерения до первого ("col-major").
Этот ответ объясняет, как просто изменить код Matlab для записи массивов "col-major" в файлы HDF5.
Вы также можете найти этот ответ полезным для вашей проблемы.