GIF изображения используют индексированные цветовые палитры. Чтобы объединить другое изображение (ваш водяной знак) с изображением GIF, любая библиотека изображений, которую вы используете (я предполагаю, что gd), вероятно, преобразует PNG в формат индексированного цвета, который удаляет альфа-канал, когда это происходит. поэтому.
Возможно, вам нужно найти способ убедить его сначала преобразовать изображение GIF в неиндексированный цветовой формат, затем объединить его с водяным знаком и затем снова записать в GIF индексированного цвета.