Я напишу свой комментарий как быстрый ответ.
Если у вас возникли конфликты с локальным, незафиксированным изменением рабочего дерева, когда вы пытаетесь выполнить извлечение (или слияние, или извлечение, или все, что изменяет рабочее дерево с файлами из репозитория), git останавливается, потому что он не знает ценна ли для вас работа, которая будет перезаписана.
Вы можете просто удалить конфликтующие файлы или, если вы не уверены, переместить их в несвязанное место для последующей проверки. Тогда проверка произвольного коммита должна продолжаться без проблем.
После этого вы можете вручную применить изменения, которые вы действительно хотите сохранить, которые присутствуют в сохраненных файлах, например, с помощью инструмента сравнения / слияния, который может обрабатывать каталоги.